Ústav merania SAV, v. v. i. má 5 vedeckých oddelení, ktoré tvoria jeho vedeckovýskumný úsek:
- Oddelenie optoelektronických meracích metód
- Oddelenie magnetometrie
- Oddelenie teoretických metód
- Oddelenie zobrazovacích metód
- Oddelenie biomeraní
Do prevádzkového úseku patria nasledujúce útvary:
- Oddelenie vývoja a inovácií prístrojovej techniky
- Redakcia časopisu Measurement Science Review
- Úsek ekonomiky a správy
- Knižnica
- Sekretariát riaditeľa